Le territoire de Grand Chambéry est situé dans le bassin versant du lac du Bourget. La protection de la qualité de ses eaux a nécessité des travaux importants : la construction d'un système d'assainissement collectif performant, comprenant une usine de dépollution principale (260 000 équivalents habitants) et 7 stations d'épuration de capacité plus faible (entre 40 et 2 250 équivalents habitants). Elle impose également le contrôle des installations d'assainissement non collectif et un suivi des rejets des entreprises.